Курс лекций по прикладной генетике для зоологов. Лекция 6

Понятие парсимонии . Построение MP деревьев. Статистическая поддержка ( bootstrap и т.п.).

Презентация - Lecture6.pps

Сиквенсы для домашнего задания

Домашнее задание (оно же - пошаговая инструкция по работе с PAUP (считаем парсимонию).

1. Сгрузите и установите программу PAUP

2.Скачайте .nex файл с последоватенльностями для анализа

3. Выполните следующие действия:

Откройте программу PAUP кликнув на иконку

File=>Open=>crab_rna.nex (Edit/Execute)

Если в файле есть ошибки, Ваш файл откроется в текстовом редакторе,

Если ошибок нет, то он будет выполнен, появиться надпись “ processing of file crab_ rna. nex completed”

Нажмите Cntr- L, и выберете имя для log-файла (в него будут сохраняться результаты всех действий, и он Вам еще пригодится для последующего осмысливания .

Набив cstatus

Вы получите характеристику Ваших данных (для нашего файла это будет выглядеть так:

Character-status summary:

Current optimality criterion = parsimony

No characters are excluded

Of 421 total characters:

All characters are of type 'unord'

All characters have equal weight

234 characters are constant

81 variable characters are parsimony-uninformative

Number of parsimony-informative characters = 106

 

Построим дерево методом ближайшего соседа ( NJ)

Набираем

NJ

Сохраняем дерево в файл

savetrees file= crab_NJ .tre

 Построим дерево методом UPGMA :

upgma

 Найдем оптимальное дерево:

Набиваем:

hsearch addseq=random;

И смотрим на получившееся дерево:

showtrees;

Можно получить характеристики дерева, из которых наиболее важными будут Tree length и consistency Index – набираем:

describetrees 1/plot=phylogram brlens=yes;

соxраняем дерево в файл:

savetrees file= crab_ mp.tre

 Распечатать дерево можно в программе TreeVew

Посчитаем статистическую поддержку топологии дерева методом бутстреп, набираем :

Bootstrap nreps=1000

После завершения подсчета кликаем Close и изучаем полученные результаты.

Их можно сохранить, набрав :

Savetree from=1 to=1 file=crab_bs1000.tre

(заметьте этот програмный глюк - если не набрать from=1 to=1, то программа дерево не сохранит)

Этот файл также можно открыть в Treeview , при этом надо выбрать опцию – показать значения узлов.

Если топология NJ дерева и парсимонии совпадает, то можно взять за основу дерево NJ (на нем есть длины ветвей) и нанести на него индексы бутстреп- поддержки (удобно это делать в программе Adobe - Illustrator , или просто в PowerPoint .

page updated:Oct 17, 2010



Hosted by uCoz
Hosted by uCoz