Курс лекций по прикладной генетике для зоологов. Лекция 5.

Методы секвенирования ДНК. Анализ хроматограмм, вычитывание, и сборка контигов. Сбор данных в банке нуклеотидных последовательностей Genebank NCBI . Построение простейших деревьев. Практические упражнения в использовании биоинформационного пакета программ “ DNAStar ”.

 

Презентация  

Сиквенсы для домашних упражнений

Домашнее задание

 

1. Скачать программу DNASTAR и лекарство к ней (patch) (ссылки наглавной странице).

2. Поставить программу в директорию по умолчанию.

3. Запустить patch - заиграет тихая музыка и программа превратится почти в лицензионную.

4. Скачать и распаковать хроматограммы сиквенсов

5. Открыть программу SeqMan и перенести в нее сиквенсы

6. Нажать кнопку assemble (верхняя левая)

7. слева в окне появится contig 1 длиной около 650 пар нуклеотидов и состоящий из двух сиквенсов (с прямого и обратного праймера). Кликнуть на него.

8. Откроется новое окно Alignment of Contig 1 (выравнивание контига 1) Сначала будет виден только прямой сиквенс, затем сдвигаясь влево, увидите обратный сиквенс.

9. Кликните на треугольник слева от названия сиквенса - откроется хроматограмма.

10. Внимательно изучите хроматограмму, и поправьте ошибки, допущенные компьютером при распознавании сиквенсов. Полезно при этом обращать внимание на обе цепи, и в спорных случаях доверять той букве, которая в сиквенсе с более четкими пиками.

11. Закончив редактирование, сохраните сначала файл, затем сохраните контиг в отдельном файле (Contig =>Save consensus =>Single file

12. Закройте SeqMan, откройте EditSeq, откройте в нем Ваш контиг.

13. Откройте страницу NCBI/BLAST   и внесите в появившееся окно Ваш сиквенс.

14. Убедитесь, что стоит опция и жмите на кнопку

.

.

ЗАДАНИЕ 2 - для продвинутых

.

15b Как называется ген, сиквенс которого вы смотрели, к какому типу генетических маркеров (ядерный/митохондриальный/пластидный и кодирующий/некодирующий)?.

16. Скачайте по 1 сиквенсу каждого вида из того рода, которому принадлежит отбластованный Вами зверь (совет - проще скачивать в Fasta-формате, но можно и в формате GenBank, давая файлам расширение .seq и импортируя затем в EditSeq (с последующим сохранением в виде файлов формата DNAStar).

17. Откройте программу MegAlign и добавьте в нее все скаченные сиквенсы.

18. Проведите множественное выравнивание Align => By Clustal W Method

19. Постройте простейшее дерево View => Phylogenetic Tree и распечатайте его.

20. Сохраните результат выравнивания как файл (с расширением .meg) и пришлите мне его на mugue(собака)mail.ru

И до встречи в следующий вторник!

 


Hosted by uCoz