Курс лекций по прикладной генетике для зоологов
Понятие парсимонии . Построение MP деревьев. Статистическая поддержка ( bootstrap и т.п.).
Сиквенсы для домашнего задания
Домашнее задание (оно же - пошаговая инструкция по работе с PAUP (считаем парсимонию).
1. Сгрузите и установите программу PAUP
2.Скачайте .nex файл с последоватенльностями для анализа
3. Выполните следующие действия:
Откройте программу PAUP кликнув на иконку
File=>Open=>crab_rna.nex (Edit/Execute)
Если в файле есть ошибки, Ваш файл откроется в текстовом редакторе,
Если ошибок нет, то он будет выполнен, появиться надпись “ processing of file crab_ rna. nex completed”
Нажмите Cntr- L, и выберете имя для log-файла (в него будут сохраняться результаты всех действий, и он Вам еще пригодится для последующего осмысливания .
Набив cstatus
Вы получите характеристику Ваших данных (для нашего файла это будет выглядеть так:
Character-status summary:
Current optimality criterion = parsimony
No characters are excluded
Of 421 total characters:
All characters are of type 'unord'
All characters have equal weight
234 characters are constant
81 variable characters are parsimony-uninformative
Number of parsimony-informative characters = 106
Построим дерево методом ближайшего соседа ( NJ)
Набираем
NJ
Сохраняем дерево в файл
savetrees file= crab_NJ .tre
Построим дерево методом UPGMA :
upgma
Найдем оптимальное дерево:
Набиваем:
hsearch addseq=random;
И смотрим на получившееся дерево:
showtrees;
Можно получить характеристики дерева, из которых наиболее важными будут Tree length и consistency Index – набираем:
describetrees 1/plot=phylogram brlens=yes;
соxраняем дерево в файл:
savetrees file= crab_ mp.tre
Распечатать дерево можно в программе TreeVew
Посчитаем статистическую поддержку топологии дерева методом бутстреп, набираем :
Bootstrap nreps=1000
После завершения подсчета кликаем Close и изучаем полученные результаты.
Их можно сохранить, набрав :
Savetree from=1 to=1 file=crab_bs1000.tre
(заметьте этот програмный глюк - если не набрать from=1 to=1, то программа дерево не сохранит)
Этот файл также можно открыть в Treeview , при этом надо выбрать опцию – показать значения узлов.
Если топология NJ дерева и парсимонии совпадает, то можно взять за основу дерево NJ (на нем есть длины ветвей) и нанести на него индексы бутстреп- поддержки (удобно это делать в программе Adobe - Illustrator , или просто в PowerPoint .
page updated:Oct 17, 2010
