Программа курса Прикладная генетика для зоологов (âåñíà 2009) .
(3-й курс, кафедра зоологии и сравнительной анатомии беспозвоночных )
Лекции по вторникам, 15.35-16.50, ауд. 547 Биофака (приглашаются все желающие)
Практикум: вторник, Молекулярный Корпус Б, комн. 205 с 17.00 до 19.00 (только студенты каф. б/п)
Программа лекций .
10.02.09 Лекция 1. Введение в курс. Генотип и фенотип. Признаки, использующиеся в классической систематике. Различные виды генетических маркеров: нейтральные и не нейтральные (адаптивные); ядерные и митохондриальные (цитоплазматические); type I (кодирующие) и type II (не кодирующие). Применение различных типов маркеров для решения различных задач в зоологии и эволюционной биологии.
17.02.09 Лекция 2. (ауд. 547, Начало сдвинуто! -16.15-17.30) Сбор и хранение образцов для генетического анализа.Способы фиксации. Хранение образцов для генетического анализа. Выделение ДНК из различных организмов и тканей. Классический фенольный, солевой, щелочной, абсорбция на стекле и др. носителях, колонки. Оценка качества выделения на СФ и сохранности ДНК (электрофорез).
24.02.09 Лекция 3. (ауд. 547, 15.35-16.50) Введение в ПЦР Правила написания праймеров Оптимизация ПЦР.Роль концентрации магния и других составляющих. Вещества, используемые для улучшения выхода реакцтии. Ингибиторы реакции. Роль качества ДНК-препарата и работа с архивной ДНК. Горячий старт, touch - down PCR и другое шаманство
03.03.09 Лекция 4. (ауд. 547, 15.35-16.50) .Методы основанные на ПЦР: микросателиты ( STR ), AFLP , RAPD , PCR - RFLP , Inter - SINE PCR и т.п.. Интерпретация данных «фрагментного анализа». Использование ДНК-маркеров в популяционной генетике, сравнение возможностей микросателлитного а изофермнентного анализа.
10.03.09 Лекция 5.(15.35-16.50) Методы секвенирования ДНК. Анализ хроматограмм, вычитывание, и сборка контигов. Сбор данных в банке нуклеотидных последовательностей Genebank NCBI . Построение простейших деревьев. Практические упражнения в использовании биоинформационного пакета программ “ DNAStar ”.
17.03.09 Лекция 6.(16:45-18:15) Понятие парсимонии . Построение MP деревьев. Статистическая поддержка ( bootstrap и т.п.).
24.03.09 Лекции не будет, только практикум.
31.03.09 Лекция 7.(15.35-16.50) Различные модели нуклеотидной эволюции. Оценка параметров модели в программе Modeltest и использование полученных параметров при анализе последовательностей методом наибольшего правдоподобия в программе PAUP . Метод “ posterior probability ” и программа MrBayes .
07.04.09 Лекция 8.(15.35-16.50) Международная программа « Barcoding of life ». Преимущества и недостатки использования гена COI для видовой идентификации. Альтернативные подходы в геносистематике. Комплексное использование методов традиционной таксономии и молекулярной генетики.
14.04.09 Лекции не будет, только практикум
21.04.09 Лекция 9. (15.35-16.50) Зоология в «пост-геномную» эру. Анализ экспрессии генов на микрочипах, разные платфрормы микрочипов. Новые подходы в секвенировании - платформа 454 (Классическая и Titanium ), Секвенирование на твердой фазе ( solid state sequencing ). Проблемы анализа геномов, аннотирование геномов. Метàболитические и регуляторные реконструкции организмов.
28.04.09 Зачет.
updated: October 18, 2010 22:41
